El 17 de mayo de 2014, Müller anotó el segundo gol del Bayern en la derrota por 2-0 en la prórroga del Borussia Dortmund en la final de 2014 DFB-Pokal, dando Die Roten el décimo doblete de liga y copa en su historia. Después de esto Müller declaró «Estoy feliz de tomar los penales, pero creo que David Alaba es el hombre principal por ahora.» El 25 de septiembre, ante el Hannover 96 en la segunda ronda de la DFB-Pokal, Müller anotó dos veces, anotando cinco goles en sólo dos partidos.
