Además, perdió la final de la Liguilla de Copa Libertadores ante Universidad Católica, mediante los lanzamientos penales tras 2 empates sin goles. Y en 1999, con la llegada de César Vaccia como nuevo director técnico del equipo, Universidad de Chile disputó el campeonato nacional, el cual tuvo la novedad de dividirse en dos etapas para los 16 equipos participantes: tras obtener el liderato (con 75 puntos) de la etapa inicial del torneo, el club accedió al octagonal por el campeonato, en el cual, a dos jornadas del final del torneo, la «U» se tituló campeón por décima ocasión en su historia, tras empatar sin goles ante Santiago Morning en el Estadio Nacional.
